– Viktig for fremtidig lakseforskning

Ny doktorgrad: Heidi Hagen-Larsen disputerte for Ph.d.-graden med en avhandling om identifikasjon av laksens gener.

Identifikasjon og kunnskap om laksens gener, kan bli et viktig grunnlag for fremtidig lakseforskning.

Sivilingeniør Heidi Hagen-Larsen disputerte 18. juni 2010 for Ph.d.-graden ved Norges Veterinærhøgskole (NVH) med avhandlingen: «A survey of genes identified by Expressed Sequence Tags (ESTs) - Annotation, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Detection and Mapping in Atlantic salmon (Salmo salar)», skriver NVH i en pressemelding.

Heidi Hagen-Larsen. Foto: NMBU VeterinærhøgskolenHeidi Hagen-Larsen. Foto: NMBU VeterinærhøgskolenHeidi Hagen-Larsen har i sitt doktorgradsarbeid bidratt til å skaffe nye data om den atlantiske laksens gener. Påvisning av gener og genvarianter er av betydning for å finne ut hvilke gener som er involvert i for eksempel spesifikke sykdommer og avlsbetingelser. Enkelte genvariasjoner kan fremme sykdom mens andre kan beskytte mot sykdom. Ved å tilegne seg mer kunnskap om genene og genvariantene, vil forskerne på sikt kunne skreddersy medisinsk behandling og avlsvilkår for laksen.

Samlingen av alle genene som aktivt blir uttrykt til en hvilken som helst gitt tid i en gitt celle, kalles transkriptom. Ved å opparbeide mer kunnskap om transkriptomet vil forskere kunne tilegne seg en bedre forståelse av blant annet laksens sykdomsresistens, vekst og næringsinnhold. Dette vil på sikt kunne benyttes i avlen av en bedre laks som er friskere og som gir et mer optimalt næringsinnhold, to ting som er av stor økonomisk interesse for oppdrettsindustrien.

Endringer fra frisk til syk laks

I studiet har Heidi Hagen-Larsen benyttet avanserte genteknologiske og molekylærbiologiske metoder for å identifisere gener og variasjoner i disse hos både frisk og syk laks. Hun har i samarbeid med kollegaer identifisert og sekvensert laksegener fra 15 ulike vev hos laks. Til sammen er over 20.000 unike sekvenser gjort offentlig tilgjengelig i både det norske laksegenomprosjektets database og GenBank.

For å gi en bedre forståelse av sykdomsforløpet i laks har Heidi Hagen-Larsen arbeidet med identifisering av gener som kan være involvert i den tidlige immunresponsen mot virussykdommen infeksiøs lakseanemi (ILA). I en sykdomsprosess er det mange gener som er involvert eller som blir påvirket. Ved å identifisere slike gener kan man få et bedre inntrykk av hvilke prosesser som settes i gang og dermed en bedre forståelse av hvilke gener som kan ha innvirkning på laksens sykdomsmottakelighet og overlevelsesevne.

Etter et smitteforsøk med ILA-viruset, isolerte Hagen-Larsen RNA tilsvarende hele transkriptomet fra både syk og frisk fisk, og studerte så forkjeller i genuttrykket. Dette arbeidet identifiserte flere hundre gener som viser en forandring i uttrykk som følge av smitte med ILA-viruset.

Videre har Hagen-Larsen i sitt doktorgradsarbeid, oppdaget over fem hundre mulige DNA-variasjoner (SNPer) i gen-sekvensene. Studiet foretok kartlegging av DNA-variasjonene og bidro til et betydelig genetisk kart som vil være til nytte for videre forskning. Siden DNA-variasjoner kan føre til endringer av aminosyrene og dermed proteinene som blir dannet, kan disse variasjonene ha betydelig effekt på for eksempel sykdomsresistens og vekst.

Når DNA-variasjonene er godt kartlagt, kan disse blant annet benyttes til å avle frem bedre og sunnere oppdrettslaks.

Personalia
Heidi Hagen-Larsen kommer fra Drammen. Hun tok sin Sivilingeniør grad i bioteknologi- genetikk, ved Universitetet i Tromsø i 1997. Doktorgradsarbeidet ble utført ved Institutt for basalfag og akvatisk medisin ved NVH hvor hun var ansatt.